【ストーリー】

ガメラとギャオスの死闘から数年後、北海道に流星雨が降り注ぎ、その一つが恵庭岳近くに落下。陸上自衛隊の捜索も虚しく隕石は未発見に終わるが、札幌青少年科学館の穂波碧は、隕石が自力移動した可能性を示唆した。5日後、隕石の正体である無数の宇宙昆虫と巨大宇宙植物が札幌市に出現。そこにガメラが現れ、昆虫と植物を駆除せんとするが……。