【ストーリー】

第二次ネオ・ジオン戦争（シャアの反乱）の終結から12年が経過したU.C.0105。人類と宇宙世紀の未来を示すかと思われた“アクシズ・ショック”を経ても、世界は変わらず混乱状態にあり、断続的に軍事衝突が発生していた。地球連邦政府の腐敗もさらに進んでおり、上層部は地球の汚染を加速させただけでなく、強制的に⺠間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」を行っていた。そんな地球圏の腐敗に立ち上がったのが、「マフティー・ナビーユ・エリン」と呼ばれる人物が率いた反地球連邦政府組織「マフティー」であった。その「マフティー」本人を名乗り、指揮する人物こそ、かつて一年戦争にも参加した地球連邦軍士官ブライト・ノアの息子で、シャアの反乱の阻止にも参加していたハサウェイ・ノア。アムロ・レイ、シャア・アズナブルの理念と理想を肌で知る彼は、ふたりの意思を宿した戦士として、武力による抵抗から道を切り拓こうと画策する……。