【ストーリー】

2013年に刊行された 「小説 落第忍者乱太郎 ドクタケ忍者隊 最強の軍師」を映画化。タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった後、消息を絶ってしまった土井先生。山田先生と六年生による土井先生の捜索が始まる中、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆 奈門と、尊奈門が教壇に立つことに！そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまうのだった。一方、土井先生捜索中の六年生の前に突如現れたのは、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天⻤。 その顔は、土井先生と瓜二つで......。忍たま達に立ちはだかる最強の敵を前に、今、強き「絆」が試される。 果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、土井先生を取り戻すことができるのか！？