【ストーリー】

次期将軍である足利菊幢丸と妹の紅梅姫の命を奪おうと、時間遡行軍が襲い掛かりますが、三日月宗近たちがこれを防ぎます。やがて松永弾正の助力もあって菊幢丸は元服し、足利義輝を名乗って将軍となりますが、魔物に取り憑かれてしまいます。一方、弾正の嫡男の松永久直はそんな義輝を諫めますが……。名刀・三日月宗近の最初の持ち主といわれた義輝と刀剣男士の宿命の戦いが描かれます。